ถึงแม้ผู้โดยสารและลูกเรือของเที่ยวบินที่ 516 สามารถอพยพออกมาได้อย่างปลอดภัย แต่เครื่องบินได้รับความเสียหายอย่างหนักเกินกว่าที่ซ่อมแซมได้ เครื่องบินที่บินตามหลังเที่ยวบิน 516 คือโบอิง 737-800 ของเจแปนแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 166 ซึ่งกำลังจะลดระดับและลงจอดที่ทางวิ่ง 34R ได้ทำการกลับบินขึ้นใหม่ที่ความสูง 1,150 ฟุต (350 เมตร) และเปลี่ยนเส้นทางไปลงจอดที่ท่าอากาศยานนาริตะแทน เครื่องบินลำอื่นๆ ที่กำลังจอดรอขึ้นบินต้องกลับมาจอดที่อาคารผู้โดยสารอีกครั้งหลังการปิดทางวิ่งของท่าอากาศยาน[23]

หลังเกิดเหตุ ท่าอากาศยานฮาเนดะได้มีการยุติการดำเนินงานเป็นการชั่วคราว[24] เที่ยวบินส่วนมากได้เปลี่ยนเส้นทางไปลงจอดที่ท่าอากาศยานนาริตะ ,ท่าอากาศยานชูบุเซ็นแทรร์, หรือท่าอากาศยานคันไซแทน[25][26] และยกเลิกเที่ยวบินที่จะเดินทางเข้า-ออกจากท่าอากาศยานฮาเนดะไป[27][28] โดยออล นิปปอน แอร์เวย์ ยกเลิกเที่ยวบินภายในประเทศกว่า 112 เที่ยวบิน[29] และเจเอแอลยกเลิกไปกว่า 116 เที่ยวบิน เมื่อเวลาประมาณ 21.30น. ตามเวลาท้องถิ่น ได้มีรายงานจาก MLIT ถึงการเปิดทางวิ่งที่เหลือของท่าอากาศยานฮาเนดะ[30]

รัฐบาลญี่ปุ่นจัดตั้งศูนย์ประสานงานข้อมูลที่ศูนย์บริหารจัดการสาธารณภัยที่ทำเนียบนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น[31]

ในบ่ายวันที่ 4 มกราคม ได้มีการเริ่มขนย้ายซากเครื่องบินของหน่วยยามฝั่ง ตามด้วยของเที่ยวบิน 516 ในเช้าวันที่ 5 มกราคม การดำเนินการคาดว่าจะแล้วเสร็จภายในวันที่ 7 มกราคม[32] รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม เทตสึโอะ ไซโตะ กล่าวว่า เขาคาดว่าทางวิ่งที่ได้รับผลกระทบจะเปิดได้อีกครั้งในวันที่ 8 มกราคม[33] ส่วนระบบแสงสว่างที่ได้รับความเสียหายจากเหตุการณ์นี้คาดว่าจะได้รับการซ่อมแซมภายในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 2024